Japan-Places.com a répertorié environ 133 Musée d'histoire naturelle dans Japon. Certains des mieux notés Musée d'histoire naturelle dans Japon sont- Musée des dinosaures de la préfecture de Fukui, Parc du musée Musée naturel de la préfecture d'Ibaraki, Musée Parc Musée Naturel de la Préfecture d'Ibaraki, Musée d'histoire naturelle et d'histoire humaine de Kitakyushu, Musée préfectoral d'histoire naturelle de Kanagawa, L'institution commémorative de la réduction des catastrophes et de la rénovation humaine du grand tremblement de terre de Hanshin-Awaji, Musée d'histoire naturelle de Gunma, Musée préfectoral de Mie, Musée de la nature de la préfecture de Saitama & Musée préfectoral d'histoire naturelle de Wakayama.