Japan-Places.com a répertorié environ 824 Jardins botaniques dans Japon. Certains des mieux notés Jardins botaniques dans Japon sont- Parc fruitier de Togokusan, Jardin botanique alpin de Rokko, Jardin botanique de Miyako Qingdao, Jardin de roses d'Higashizawa, Roseraie d'Higashizawa, Dôme de serre tropicale Yumenoshima, Dôme de serre tropicale Yumenoshima, Jardin d'Irago nanohana, Parc Suigo Sawara Ayame & Musée des plantes de l'environnement tropical d'Itabashi.