Japan-Places.com a répertorié environ 540 Églises protestantes dans Japon. Certains des mieux notés Églises protestantes dans Japon sont- Église Koiwa, Église chrétienne Hachinosato, Église d'Akasaka, Église Yummachi Hongo, Église de Kagoshima Kajiyacho, Église chrétienne japonaise Église Nishiarai, Centre de la vision (ÉGLISE FAMILIALE DE JÉSUS), Église biblique du sud d'Osaka, Alliance du Japon Christ Church Tsuchiura Megumi Church & Église Megumi Tsuchiura de l'Alliance japonaise.